分析：分子、原子都是構(gòu)成物質(zhì)的粒子，它們的質(zhì)量都很小，分子在化學變化中可以分成原子，而原子不能再分；據(jù)此進行分析判斷．
解答：解：分子、原子都是構(gòu)成物質(zhì)的粒子，在化學變化中，分子變?yōu)樵�，原子再重新結(jié)合，故它們的根本區(qū)別是在化學變化中，分子可分，原子不可分．
A、分子與原子的根本區(qū)別是在化學變化中，分子可分，原子不可分；而不是否能直接構(gòu)成物質(zhì)，故選項錯誤．
B、分子與原子的根本區(qū)別是在化學變化中，分子可分，原子不可分；而不是否能保持物質(zhì)的化學性質(zhì)，故選項錯誤．
C、分子與原子的根本區(qū)別是在化學變化中，分子可分，原子不可分，即是否在化學反應中發(fā)生種類的變化，故選項正確．
D、分子與原子的根本區(qū)別是在化學變化中，分子可分，原子不可分；而不是否能構(gòu)成單質(zhì)，故選項錯誤．
故選C．
點評：本題難度不大，主要考查了分子和原子的本質(zhì)區(qū)別，抓住它們的本質(zhì)區(qū)別即可正確解答本題．
